Durante três anos, o IDIS apoiou a estruturação e desenvolvimento institucional e programático do Instituto WCF-Brasil, colaborando também no planejamento estratégico. Nesse período, projetos foram selecionados, o programa de apoio técnico para as organizações receptoras das doações foi definido e atividades de monitoramento e avaliação dos projetos foram implementadas.

Para o biênio 2002/2003, após criteriosa negociação e aperfeiçoamento das propostas, 18 projetos fundamentados nos eixos estratégicos de intervenção do Plano Nacional de Enfrentamento à Violência Sexual Infanto-Juvenil distribuídos em 14 Estados e com orçamento total de R$ 1,8 milhão, foram aprovados pelo Conselho do WCF-Brasil.

Com a progressiva maturidade, em 2002 a instituição atingiu a condição de assumir sua própria governança estratégica e operacional, sendo que o processo de transição também foi acompanhado pelo IDIS.